Malgré un passage à vide compréhensible qui lui vaut d'être pris en grippe par le public du Vélodrome et de faire quelques passages sur le banc, Cissé s'accroche, retrouve sa place en équipe de France et termine la saison avec un total de 8 buts en championnats (plus 7 dans les coupes nationales). Après d'âpres négociations avec Liverpool, Pape Diouf scelle finalement le transfert définitif de l'attaquant pour un montant estimé 8 millions d'euros.