Rafael Benitez, ne fait pas confiance à Cissé pour le poste d'attaquant de pointe. Entre Fernando Morientès, Peter Crouch et Robbie Fowler, arrivé lors du mercato hivernal, le Français est relégué sur l'aile droite de l'attaque. Un poste où ses qualités de buteur et son jeu dans la profondeur sont mal exploités.
Année de Coupe du Monde oblige, Cissé serre les dents et fait tout pour être titulaire le plus souvent possible. D'autant que la concurrence pour les places de doublures dans l'attaque de l'équipe de France s'annonce rude avec le retour en grâce de Nicolas Anelka et la montée en puissance de Louis Saha qui a mis Ruud van Nistelrooy sur le banc à Manchester United. Le 15 mai 2006, Djibril voit pourtant son visage s'afficher sur l'écran de Domenech lors de la conférence de presse où le sélectionneur communique la liste des 23.
Au fil des matchs de préparation des Bleus, Cissé s'impose aux yeux du sélectionneur comme le complément idéal de Thierry Henry en attaque. Mais alors qu'il est titularisé face à la Chine, juste avant le départ en Allemagne de l'équipe de France, c'est cette fois sa jambe droite qui lâche. Remplacé au pied levé par Sidney Govou