Début 2001, le titulaire au poste, Stéphane Guivarch, se blesse et Cissé se voit propulser dans le onze de l'AJA qu'il ne le quittera plus. Dès la saison suivante, sa moyenne de buts explose et Djibril décroche son premier titre de meilleur buteur (ex-æquo avec Pauleta) avec 22 réalisations. L'équipe de France lui ouvre ses portes en mai 2002 et la fusée bourguignonne prend son envol