Cissé débute à l'Athlétic Club Arlésien avant de partir en sport étude à Nîmes au collège d'Alzon. Il signe pour le Nîmes Olympique, alors entrainé par René Girard. Cissé est très vite repéré par l'AJ Auxerre, grâce à ses principales qualités de vitesse de course et de puissance de frappe. C'est à Auxerre qu'il fait ses vrais débuts de professionnel en mars 1999 où il est lancé dans le grand bain par Guy Roux.
Les filets ne cessent de trembler et Djibril remporte la Coupe Gambardella, version junior de la Coupe de France, en 1999. Parallèlement, le jeune attaquant fait ses débuts en première division, puis remporte le Championa d'Europe des 18 ans en 2000. Deux semaines plus tard, il inscrit son premier but en Ligue
Les filets ne cessent de trembler et Djibril remporte la Coupe Gambardella, version junior de la Coupe de France, en 1999. Parallèlement, le jeune attaquant fait ses débuts en première division, puis remporte le Championa d'Europe des 18 ans en 2000. Deux semaines plus tard, il inscrit son premier but en Ligue
