La famille Cissé quitte donc sa villa pour une cité HLM d'Arles où Djib' s'initie au football de quartier. Il intègre rapidement les équipes de jeunes du club local. Avec les poussins, déjà, sa pointe de vitesse saute aux yeux des observateurs, et à 11 ans il rejoint le centre de formation du Nîmes Olympique. En avance sur sa classe d'âge, Cissé est repéré par les détecteurs de l'AJ Auxerre et s'en va poursuivre, à 14ans, sa formation en Bourgogne.
Les filets ne cessent de trembler et Djibril remporte la Coupe Gambardella, version junior de la Coupe de France, en 1999. Parallèlement, le jeune attaquant fait ses débuts en première division, puis remporte le Champion d'Europe des 18 ans en 2000. Deux semaines plus tard, il inscrit son premier but en Ligue 1.